Nevýhodou barevného inkoustu je, že není voděodolný, a protože se molekuly barviva pod ultrafialovým zářením rychle rozkládají, po použití venku pod ultrafialovým zářením zjevně do jednoho měsíce vyblednou.
Nevýhodou je, že většina pigmentových inkoustů způsobí na povrchu zbytky barevných materiálů. Proto ani tisk na lesklý papír a jiný papír s rovným povrchem nemůže vytisknout lesklé obrázky, a proto věci tištěné pigmentovými inkousty obecně nemají žádný lesk. Kromě toho jsou výrobní náklady pigmentového inkoustu vyšší, takže prodejní cena je také vyšší než cena barvivového inkoustu a cenový rozdíl je více než dvojnásobný až čtyřnásobný.
